गर्भवती महिलालाई कुनै वंशाणुगत रोग, मधुमेह, रक्तचाप, मुटु रोग भएमा वा तिनको उपचारमा प्रयोग गरिने औषधिको कारणले पनि पाठेघरको बच्चालाई असर पार्छ। गर्भ तुहिन पनि सक्छ। गर्भवतीलाई एचआईभी/एड्स, हेपाटाइटिस बी, औलो, भिरिङ्गी जस्ता रोग लागेको छ भने पनि शिशुमा त्यस्तो असर देखिन्छ। मुख्यतः पाचन प्रणाली, टाउको, आँखा, छाला, मुटु, रक्तसञ्चार प्रणाली, हाडजोर्नीमा समस्या देखिन्छन्।

खाद्य नली र आमाशयको माथिल्लो भाग जोडिने ठाउँ साँघुरिने, आन्द्रा साँघुरिने वा बटारिने, ठूलो आन्द्राको मांसपेशीमा स्नायु प्रणाली राम्ररी विकसित नहुने, आन्द्रा खप्टिने, काछमा हर्निया निस्कने तथा मलद्वार नखुल्ने पाचन प्रणालीमा हुने जन्मजात समस्या हुन्। शिशुमा देखिने यस्ता जन्मजात समस्याको उपचार शल्यक्रियाबाटै गर्नुपर्छ।

कुनै–कुनै शिशुमा जन्मँदै टाउको ठूलो हुने (गिदीमा पानी भरिएको कारणले), मोतीबिन्दु हुने, शरीरको विभिन्न भागको छालामा कोठी देखापर्ने, पैताला बटारिने आदि समस्या हुन्छ। कुनै शिशुको मुटुमा प्वाल पर्ने, भल्भमा खराबी देखिने, मिर्गौलामा फोका उठ्ने, जोडिने जस्ता समस्या देखिन सक्छन्।

शिशु जन्मिने बित्तिकै नाभी जाँच गर्दा दुई वटा धमनी र एउटा शिरा (रक्तनली) हुनुपर्नेमा एउटै मात्र धमनी छ भने अन्य अङ्गहरूमा पनि खराबी हुन सक्छ।
शिशुमा देखिने यस्ता जन्मजात समस्याको उपचार औषधिबाट मात्र हुँदैन। शल्यक्रिया भने शिशुको अवस्था र रोगको प्रकृतिमा निर्भर हुन्छ। चिकित्सकले उपलब्ध सेवा र शिशुको अवस्था हेरेर शल्यक्रिया गर्ने/नगर्ने निर्णय गर्छन्। एकाध समस्या शिशुको उमेर बढ्दै जाँदा कम हुँदै जाने खालका पनि हुन्छन्।

ओठ र तालुको समस्या

भ्रूण अवस्थामा दुईतर्फबाट विकसित भएर बीचमा जोडिने अङ्ग ओठ र तालु पनि हुन्। कारणवश यो प्रक्रिया अवरुद्ध भयो भने ओठ वा तालु खुँडे भएको बच्चा जन्मिन्छ। प्रायः केटाहरूमा बढ्ता खँुडे समस्या देखिन्छ। प्रत्येक ७५० मा एक जनामा ओठ र प्रत्येक २५०० मा एक जनामा तालुको समस्या देखिन्छ। एशियाली देशहरूमा बढ्ता देखिने खुँडेपनको समस्या गर्भावस्थामा खाएको औषधि, वंशाणुगत कारण र अन्य जटिल प्रकारका समस्याबाट हुन्छ। सामान्य प्रकृतिको खुँडेपन ओठमा मात्र देखा पर्छ भने गम्भीर प्रकृतिले तालुलाई पनि असर गर्छ। खुँडे ओठ बायाँतिर बढ्ता हुन्छ। खुँडे तालु भने धेरैजसो बीचमा हुन्छ।

चिकित्सा विज्ञानको विकासले खुँडे ओठ र तालुको समस्यालाई सामान्य बनाएको छ। बाल शल्य चिकित्सक वा प्लाष्टिक सर्जरी सुविधा भएको जुनसुकै अस्पतालमा यस्तो समस्याको समाधान हुन्छ। कतिपय अन्तर्राष्ट्रिय गैरसरकारी संस्थाहरूले समय–समयमा शिविर संचालन गरेर निःशुल्क उपचार सेवा पनि दिने गरेका छन्। खुँडेको कारणले नवजात बच्चाको अनुहारको स्वरुप अलि भिन्न देखिने हुनाले आमा, अभिभावक र आफन्तहरूले मुख अमिलो पार्ने गरेको देखिन्छ। यसको बढी मानसिक असर आमालाई पर्छ। तर, बच्चा निश्चित उमेर पुगेपछि सानो शल्यक्रिया (प्लाष्टिक सर्जरी) बाटै हटाउन सकिने समस्या हो, यो।
खुँडे ओठ, तालु भएका बच्चाहरूलाई खान वा खुवाउन गाह्रो पर्ने, अप्रेशनको लागि बच्चाको तौल र रगतको मात्रा पुग्नुपर्ने हुनाले रकान पाक्ने र निमोनियाको समस्या हुने हुनाले पोषणमा विशेष ध्यान दिनुपर्छ।

खुँडे ओठको शल्यक्रिया सामान्यतया बच्चा तीन महीनाको भएपछि वा बच्चाको तौल ४.५ केजी, हेमोग्लोविनको मात्रा १० ग्राम प्रतिशत पुगेपछि गरिन्छ। खुँडे तालुको शल्यक्रिया बच्चा १० देखि १८ महीना, हेमोग्लोविनको मात्रा १० ग्राम प्रतिशत वा तौल १० किलोग्राम भएपछि गरिन्छ।